Lãnh đạo Liên đoàn
1. Lãnh đạo Liên đoàn Bản đồ và Địa chất biển miền Bắc có Liên đoàn trưởng và các Phó Liên đoàn trưởng theo quy định.
2. Liên đoàn trưởng chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về mọi hoạt động của Liên đoàn; trình Cục trưởng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đoàn trực thuộc Liên đoàn; ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các phòng trực thuộc Liên đoàn; ban hành các quy chế, quy định nội bộ của đơn vị.
3. Phó Liên đoàn trưởng giúp Liên đoàn trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo phân công của Liên đoàn trưởng, chịu trách nhiệm trước Liên đoàn trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công.
Cơ cấu tổ chức
Bộ phận tham mưu, giúp việc
1. Phòng Tổ chức - Hành chính.
2. Phòng Kế hoạch - Tài chính.
3. Phòng Kỹ thuật.
Các đơn vị trực thuộc
1. Phòng Phân tích thí nghiệm.
2. Đoàn Bản đồ địa chất 201.
3. Đoàn Bản đồ địa chất 202.
4. Đoàn Địa vật lý và địa chất biển.
5. Đoàn Địa chất khoáng sản biển.
6. Đoàn Địa chất công trình biển.
